基因组测序 - 从映射证实COVID-19情况下，病毒的基因序列，企图以跟踪其蔓延 - 现在是新西兰的冠状病毒反应的一个组成部分。它是在识别集群提供更大的确定性，并有助于聚焦接触示踪剂的调查。

与此相反的一次爆发，​​在此期间，只有1000个多名阳性样品有25个由四月中旬进行了基因测序，基因组测序结果，现已过夜，有时甚至在同一天。这让卫生部门来推断的情况或比以前更加迅速感染的发现潜在的源之间的连接。

（图片：PickPik）

迄今为止，该技术已经确认奥克兰的情况下第二次浪潮是同一集群中的所有部分，除了识别周二一种情况下谁通过接触感染病毒，从美国返回的旅客。

但是，尽管我们迅速提高的知识，我们仍然不知道如何以及在何处流疫情开始。

基因组测序证明有助于了解集群

现在有新的奥克兰集群中的87例确诊病例。所有在隔离，他们的一些密切接触者一起。

测序技术已经显示出其在三种不同的方式值，因为这个新的爆发上周证实。

首先，它确定了新的情况下，不链接到当前社区集群。一名维修工人在瑞吉酒店管理隔离设施上周日阳性。截至周二，测序结果表明这种情况下是不是更广泛的集群的一部分，而是基因序列匹配的是来自谁曾在里吉斯检测阳性及被移到隔离区之前，留在美国的海归。

如果没有快速的基因组测序，接触示踪剂会花相当大的精力寻找一个链接到已知的集群。相反，他们的工作目前集中在找出工人是怎么感染，是否有任何中间情况。

其次，基因组测序也表明，所有其他情况下，到目前为止是一个集群的一部分。这是基于已建立的物理链路大多是意料之中的，但遗传的确认仍然是有价值的。

联系跟踪蒙上了广泛的网。如果一个已知的情况下访问了一所学校，教堂或工作场所大，几百人可能需要进行测试。基因组证据可以告诉我们任何那些谁后来测试呈阳性的联系人是否确实是同一集群的一部分，或者它们是否在其他地方受到感染。当我们在感染的第一波回头看，有几个是被分配到同一个集群的病例均显示不毕竟是遗传的关系，展示接触单独跟踪不故障安全。

第三，有针对接触者追踪产生的人与人之间的唯一不确定的链接少数病例，但测序证实它们是同一个集群的一部分。

寻找源

到目前为止，基因组学给了我们很多关于新西兰本轮感染的有价值的信息。但它并没有建立这个第二波爆发的最终来源。然而，已经取得了一些线索。

这表明当前的集群来自于所谓的血统B.1.1.1，最常记录在英国，但最近在欧洲，澳大利亚和南非发现。该谱系已经见过一次在新西兰之前，在四月中旬对案件谁在奥克兰管理的隔离。

这点，两种可能的情况。无论是第二波是由于从那里该病毒的世系已发送的国家最近的边界侵入。或者，它是新西兰正在进行的传输从四月份确定的对启动的结果。

让我们来解决每个反过来，从最近的边境入侵的理论。

该病毒可以在管理隔离设施进行传输，由于近期瑞吉酒店的案例突出。在管理设施中发现的案件约有40％没有可用的基因组序列，因为样本含有太少病毒材料。这通常表示低病毒载量（和传染性的低电平），但它不排除传输。源可以是这些情况之一中。

我们也不能够排除未检测在管理隔离或其他地方在边境情况的可能性。即使两次测试（目前在天三检疫12）预计将错过情况下至少4％的基础上，这充其量是20％的假阴性率。此假阴性率较高的原因之一坚持隔离14天。

接下来，让我们来看看，因为第一次爆发在新西兰继续传播的可能性。随着近基因组发现匹配，我们不能完全关闭此可能性。但这个理论还取决于一些不可能的假设：即从感染管理隔离泄露，被传送未被发现约15代，直到最后被人发现，而突变相当缓慢是period.This声音很不像剧毒，快速传播的病毒，我们认为我们知道，虽然这也是事实爆发增长的初始阶段可能会很慢。

理想情况下，我们会准确地计算每个场景的可能性。但即便如此，越过边境最近的传输显然更容易，为世界各地的这株和没有任何中间的情况下链接新西兰的第一和第二波的存在。

甚至试图确定原产国是很难的。许多谱系，包括B.1.1.1，具有广泛的全球蔓延。我们可以理解的使用蔓延全球共享禽流感数据倡议组织，其中病毒基因组是共享的全局数据库的程度。但具有完全不同的测序工作不同的国家（在全球共享禽流感数据倡议组织的81,000基因组的35000是来自英国独自），找到一个链接到一个国家能够仅仅表明该国做了大量测序。一种方法是对所有国际游客数据联合基因组数据可能更丰硕的成果。

无论来源如何，我们可以采取在新西兰的响应心脏来，因为原来的疫情这个第一个已知的社区传播。新的系统，以了解疫情已随即采取行动，并很快就证明了自己的价值。

病毒基因组的测序已成为管道援助接触者追踪的一部分。得到的序列将是科学远远超出了直接反应是有用的，因为我们寻求发展这种病毒更深入的了解，和流行病更普遍。

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本文从经Creative Commons许可谈话转载。阅读原创文章。 |作者：戴维·韦尔奇，高级讲师